| 年 度 | 回 数 | １位 | ２位 | ３位 | ４位 | ５位 | ６位 | |
| 令和７年（２０２５） | 第23回 | １部 | ||||||
| ２部 | ||||||||
| 令和６年（２０２４） | 第22回 | １部 | アビスパ福岡U-18 | 日章学園 | 大分トリニータU-18 | 長崎総合科学大学附属 | 飯塚 | ロアッソ熊本U-18 |
| ２部 | 国見 | 東海大学付属福岡 | 佐賀東 | 宮崎日本大学 | 鹿児島 | FC琉球OKINAWA U-18 | ||
| 令和５年（２０２３） | 第21回 | １部 | 鹿児島城西 | 日章学園 | V･ファーレン長崎U-18 | アビスパ福岡U-18 | 大分トリニータU-18 | 長崎総合科学大学附属 |
| ２部 | ロアッソ熊本U-18 | 飯塚 | 宮崎日本大学 | 鹿児島 | FC琉球U-18 | 佐賀東 | ||
| 令和４年（２０２２） | 第20回 | 神村学園高等部 | V･ファーレン長崎U-18 | 大分トリニータU-18 | アビスパ福岡U-18 | 九州国際大学付属 | 大津2nd | |
| 令和３年（２０２１） | 第19回 | V･ファーレン長崎U-18 | 神村学園高等部 | 大分トリニータU-18 | 九州国際大学付属 | サガン鳥栖U-18 | 日章学園 | |
| 令和２年（２０２０） | 第18回 | 大津 | 東福岡 | 大分トリニータU-18 | V･ファーレン長崎U-18 | サガン鳥栖U-18 | 神村学園高等部 | |
| 令和元年（２０１９） | 第17回 | サガン鳥栖U-18 | 大分トリニータU-18 | 九州国際大学付属 | 日章学園 | 神村学園高等部 | ロアッソ熊本ユース | |
| 平成３０年（２０１８） | 第16回 | サガン鳥栖U-18 | 大津 | 日章学園 | 大分トリニータU-18 | 神村学園高等部 | V･ファーレン長崎U-18 | |
| 平成２９年（２０１７） | 第15回 | サガン鳥栖U-18 | 長崎総合科学大学附属 | 大分トリニータU-18 | 神村学園高等部 | 日章学園 | V･ファーレン長崎U-18 | |
| 平成２８年（２０１６） | 第14回 | 長崎総合科学大学附属 | アビスパ福岡U-18 | 神村学園高等部 | 九州国際大学付属 | ロアッソ熊本ユース | 鵬翔 | |
| 平成２７年（２０１５） | 第13回 | 大津 | 九州国際大学付属 | 鹿児島城西 | アビスパ福岡U-18 | 神村学園高等部 | 鵬翔 | |
| 平成２６年（２０１４） | 第12回 | １部 | 大分トリニータU-18 | 大津 | 鹿児島城西 | 日章学園 | 神村学園高等部 | 筑陽学園 |
| ２部 | 鹿児島実業 | 佐賀東 | サガン鳥栖U-18 | 秀岳館 | ロアッソ熊本ユース | 長崎日本大学 | ||
| 平成２５年（２０１３） | 第11回 | １部 | 大分トリニータU-18 | 神村学園高等部 | 九州国際大学付属 | 鹿児島城西 | 筑陽学園 | 東海大学付属第五 |
| ２部 | 鵬翔 | 折尾愛真 | 出水中央 | 佐賀東 | ロアッソ熊本ユース | ルーテル学院 | ||
| 平成２４年（２０１２） | 第10回 | １部 | 大津 | 筑陽学園 | 神村学園高等部 | 九州国際大学付属 | 東海大学付属第五 | 鹿児島城西 |
| ２部 | サガン鳥栖U-18 | 鵬翔 | 折尾愛真 | ルーテル学院 | FC KAGOSHIMA | 大分 | ||
| 平成２３年（２０１１） | 第９回 | １部 | 大津 | 大分トリニータU-18 | 筑陽学園 | 鹿児島実業 | 東海大学付属第五 | 九州国際大学付属 |
| ２部 | 佐賀東 | 秀岳館 | 出水中央 | 折尾愛真 | ルーテル学院 | サガン鳥栖U-18 | ||
| 平成２２年（２０１０） | 第８回 | １部 | アビスパ福岡U-18 | 東福岡 | 大分トリニータU-18 | 大津 | 日章学園 | 筑陽学園 |
| ２部 | 長崎日本大学 | 九州国際大学付属 | ルーテル学院 | 大分鶴崎 | 佐賀東 | 那覇西 | ||
| 平成２１年（２００９） | 第７回 | １部 | 東福岡 | 大分トリニータU-18 | アビスパ福岡U-18 | 東海大学付属第五 | 鹿児島城西 | 大津 |
| ２部 | 国見 | 日章学園 | 九州国際大学付属 | アミーゴス鹿児島 | 那覇西 | 熊本学園大学付属 | ||
| 平成２０年（２００８） | 第６回 | １部 | 鹿児島城西 | 大分トリニータU-18 | アビスパ福岡U-18 | 神村学園高等部 | 東福岡 | 鵬翔 |
| ２部 | 長崎日本大学 | 鹿児島実業 | 日章学園 | ルーテル学院 | 大分鶴崎 | 秀岳館 | ||
| 平成１９年（２００７） | 第５回 | １部 | 東海大学付属第五 | アビスパ福岡U-18 | 大分トリニータU-18 | 国見 | 筑陽学園 | 東福岡 |
| ２部 | 神村学園高等部 | 佐賀東 | 大分鶴崎 | アミーゴス鹿児島 | 熊本学園大学付属 | |||
| 平成１８年（２００６） | 第４回 | １部 | ルーテル学院 | 東福岡 | 大分トリニータU-18 | アビスパ福岡U-18 | 東海大学付属第五 | 国見 |
| ２部 | 九州国際大学付属 | 鹿児島城西 | 佐賀東 | 長崎日本大学 | アミーゴス鹿児島 | 大分鶴崎 | ||
| 平成１７年（２００５） | 第３回 | １部 | 鵬翔 | 大分トリニータU-18 | アビスパ福岡U-18 | 鹿児島実業 | 日章学園 | 国見 |
| ２部 | 那覇西 | ルーテル学院 | 大分鶴崎 | 佐賀東 | 大分 | 長崎南山 | ||
| 平成１６年（２００４） | 第２回 | １部 | 鹿児島実業 | 国見 | 鵬翔 | 東海大学付属第五 | 大津 | 東福岡 |
| ２部 | 大分トリニータU-18 | アビスパ福岡U-18 | 北筑 | 熊本国府 | 島原商業 | 豊見城南 | ||
| 平成１５年（２００３） | 第１回 | 鹿児島城西 | 国見 | 東福岡 | 鵬翔 | 大津 | 情報科学 | |
赤色で表示されたチームは「高円宮杯U-18プレミアリーグ」に昇格
青色で表示されたチームは「高円宮杯全日本ユース大会」に出場
２０１１年度より「ＪＦＡU-18プリンスリーグ九州」から「高円宮杯U-18サッカーリーグプリンスリーグ九州」に名称変更
２００４年度から行われていた２部制は２０１４年度で廃止となり、２０１５年度からは１部制に移行